תת אלוף אלי בן-מאיר שירת בצה"ל מעל 30 שנה, עד לפרישתו מתפקידו כמפקד ורמטכ"ל חיל המודיעין.
תקופת שירותו בתפקיד הניבה למדינת ישראל תוצאות צבאיות בעלות משמעות היסטורית ישירה בשלל נסיבות. כמפקד חיל המודיעין, בן מאיר ניהל את מערך המודיעין הכולל של צה"ל. מתוקף תפקידו זה, הוא סיפק עדכונים מודיעינים לדרגות הגבוהות ביותר של צה"ל ולנציגי הממשלה וכן הוא ניהל את היחידה הטכנולוגית של החיל. הוא שירת כראש חטיבת מחקר ואנליזה וכן כנספח לענייני מודיעין בוושינגטון הבירה, ארה"ב. הוא יצר קשרים אמיצים עם בכירים בצבא האמריקאי, סוכנויות מודיעין וגופים ממשלתיים אחרים בארה"ב וקנדה במהלך שירותו הארוך.